El Doctorado en Biología y Ecología Aplicada dispone para sus alumnos de un programa de becas concursables que cubren el arancel de matricula y gastos de mantención, proporcionadas por sus instituciones asociadas.
La UCN dispone de becas que cubren el arancel de matricula, incentivos económicos mediante proyectos de investigación y ayudantías en docencia de pregrado.
La ULS dispone de becas que cubren el arancel de matricula y de incentivos económicos mediante proyectos de investigación. Adicionalmente, se tiene acceso a becas financiadas por el Instituto Milenio de Ecología y Biodiversidad (IEB).
El CEAZA tiene becas de gastos de mantención.

El Gobierno Regional de la Región de Coquimbo también dispone un fondo de becas específico para alumnos del Programa.
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